高新技術企業認定管理組織架構如下圖：
（1）高新技術企業認定管理最高領導小組是全國高新技術企業認定管理工作領導小組（以下稱“領導小組”），由工業和信息化部、财政部、稅務總局組成。領導小組下設辦公室，由工業和信息化部、财政部、稅務總局人員組成，以處理日常事務。
（2）在各地方設高新技術企業認定管理機構（以下稱“認定機構”）。“認定機構”由各省、自治區、直轄市、計劃單列市工業和信息化局行政管理部門同本級财政、稅務部門組成。“認定機構”下設辦公室，以處理日常事務。
深圳市屬于計劃單列市，由深圳市本級工業和信息化局、财政、稅務部門組成深圳市高新技術企業認定管理工作領導小組。